Repressão ao movimento

A Metrópole Portuguesa reagiu, enviando um novo Governador para o Estado do Maranhão, Gomes Freire de Andrade. Ao desembarcar em São Luís, em 15 de maio de 1685, à frente de efetivos militares portugueses, este oficial não encontrou resistência.
Neste ano de revolta, o movimento tivera várias defecções entre seus entusiastas: eram os descontentes, arrependidos, os moderados e os que temiam as mudanças. À chegada de Gomes Freire não se opusera Manuel: tencionava libertar o irmão Tomás. Os emissários do novo governante logo tomaram conhecimento do estado das coisas. Os mais comprometidos com a revolta deliberaram pela fuga, enquanto Beckman permaneceu.
Gomes Freire, então, restabeleceu as autoridades depostas, ordenando a detenção e o julgamento dos envolvidos no movimento, assim como o confisco de suas propriedades. Expediu ordem de prisão contra Manuel Beckman, que fugira, oferecendo por sua captura o cargo de Capitão dos Ordenanças. Lázaro de Melo, afilhado e protegido de Manuel, trai o padrinho e entrega-o preso, obtendo a cobiçada recompensa. Entretanto, empossado, os seus comandados repudiaram-lhe o gesto vil, recusando-se a obedecer-lhe as ordens. Queixando-se disto ao governador, afirma-se que Gomes Freire teria lhe respondido que prometera o cargo, não o respeito dos comandados.
Apontados como líderes, Manuel Beckman e Jorge de Sampaio receberam como sentença a morte pela forca. Os demais envolvidos foram condenados à prisão perpétua. Manuel Beckman e Jorge Sampaio foram enforcados a 2 de novembro de 1685 . A última declaração de Manuel foi: "Morro feliz pelo povo do Maranhão!". Tendo os seus bens ido a hasta pública, Gomes Freire arrematou-os todos e devolveu-os à viúva e filhas do revoltoso.